보물섬에서의 격전을 마치고, 무사히 과학왕국으로 귀환한 센쿠 일행. 손에 넣은 석화 장치로, 콜드 슬립 하고 있던 츠카사를 부활시키는 데 성공. 츠카사는 과학 왕국의 동료가 되었다! 그리고 인류 석화의 흑막・와이맨의 본거지가 "달"임을 알아낸 센쿠 일행은, 달을 목표로 한다! 이 스톤월드에서, 처음부터 우주선을 만드는 빅 프로젝트를 시작한다. 우선, 세계 각지에서 우주선의 소재를 모으기 위해, 페르세우스 호를 타고 대해로 나온 센쿠 일행. 부활액의 원료가 되는 대량의 옥수수를 구하기 위해, 첫 번째 목적지·아메리카 대륙을 목표로 한다. 용기, 결속, 과학력, 모든 것이 시험되는 대항해의 앞에, 센쿠 일행을 뒤흔드는 위협이 기다리고 있었다――!! 마침내, 센쿠 일행의 모험은 세계로, 그리고 우주를 향해 움직이기 시작한다! 인류의 미래를 구하기 위해, 센쿠는 동료와 함께 전력으로 과학의 길을 개척해 나간다!!