전 세계를 휩쓸며, 한 도시를 궤멸 상태로 몰아넣었던 로스트・줄라이로부터 2년 반이 지났다. 선배 기자가 된 메릴은 후배 밀리와 함께 밧슈의 행방을 쫓던 중 니콜라스와 재회하고, 다시 발생하기 시작한 플랜트 강탈 사건들 속에서 밀리온 나이브스파의 그림자를 감지한다. 한편, 변방의 마을에서 엘릭스라는 이름으로 조용히 살아가고 있던 밧슈 앞에, 3번 함 홈의 구조 요청을 하러 온 소녀 제시카가 나타난다. 소중한 사람들을 지키기 위해 밧슈는 오랜 인연을 끊어내기로 결심한다. 저마다의 운명이 서로 맞물리며 이야기가 다시 꿈틀대기 시작한 순간, 우주 저편에서 한 통의 통신이 날아든다. 우리는 지구에서 출발한 이민선단이다. 희망자는 우리와 함께 신천지로 갈 수 있다고. 행성에는 환희와 흥분이 휘몰아치지만, 이를 비웃듯 되살아난 외날개의 천사가 절망과 공포를 가져온다. 광란의 도가니에 빠진 이 행성에서, 마침내 운명이 결판난다.