【아케치 안나】는 마코토미라이 타운에 사는 14살 중학교 2학년생! 생일에 나타난 요정 【포치탄】과, 방에 있던 펜던트에 이끌려 2027년에서 1999년의 마코토미라이시로 타임슬립…! 그곳에서 만난 건, 명탐정을 동경하는 14살 소녀 【코바야시 미쿠루】! 그러던 중, 사건 발생!? 소중한 물건을 도둑맞아 곤란해하는 사람이 있는 모양인데…! 사건은 【괴도단 팬텀】의 소행…!? 어려움에 처한 사람을 그냥 지나칠 순 없어…! 그런 마음이 모여, 안나와 미쿠루는 【명탐정 프리큐어】로 변신!! 명탐정 프리큐어가 모두의 미소를 추리로 지킨다! 「그 수수께끼! 큐엇하게 해결!」 그리고, 안나는 원래 시대로 돌아갈 수 있을까…!?