이 우주를 얼어붙게 하는 자──. 「우라리아의 마녀」와의 대결의 때가 다가온다. "마녀"의 정체── 암흑의 우주에 숨어있는 중간 보급 기지 디가블라스. 데자리움과 「우라리아의 마녀」의 관계란 무엇인가? 「차가운 우주」라는 절대적 열세 속에서, 파동포조차 무효화하는 거대 요새에, 야마토와 가르만-가밀라스의 연합함대는 고전을 면치 못한다. 그 와중에 다시 코다이의 앞에 모습을 드러내는 알폰. 유키라는 인연에 이끌리면서도, 다른 미래를 믿고, 양립할 수 없는 두 사람이 목격하는, 디가블라스의 진실이란--!? 한편, 마더 데자리움의 술책에 빠진 지구에서는, 사람들이 스스로의 의사로 「데자리움화」를 받아들이기 시작했다. 이제는 한 치의 유예도 주어지지 않는다. 모든 수수께끼의 답을 찾아서──. 미지의 공간에 뛰어든 야마토에게, 충격의 결말이 기다린다!!