샤아의 반란으로부터 12년이 지난 U.C.0105. 폭정을 일삼는 지구연방정부에 맞서 정부 고위 관료 암살이라는 수단으로 저항을 시작한 마프티. 그 리더의 정체는 일년전쟁에서 아무로와 함께 싸웠던 브라이트 노아의 아들, 하사웨이 노아였다. 신비한 힘을 지닌 소녀 기기 안달루시아를 통해 과거의 트라우마를 떠올리는 하사웨이. 그녀의 말에 흔들리면서도 마프티로서의 목표인 애들레이드 회의 습격을 준비한다. 연방군의 케네스 슬렉은 자신이 계획한 애들레이드 회의 방어 작전과 마프티 섬멸을 준비하던 중, 형사경찰기구의 핸드리 요크샌으로부터 비밀 제안을 받는다. 하사웨이와 케네스가 각자의 목적을 위해 움직이는 가운데, 기기 또한 자신의 역할을 위해 홍콩으로 향한다.